Der größte Teil der Ausstellungsfläche im AlliiertenMuseum wird von der Dauerausstellung zur fast 50jährigen Präsenz der Westmächte in Berlin beansprucht. Das Museum zeigt aber auch alljährlich Sonderausstellungen.

Die Thematik dieser Ausstellungen kann sich auf historische Jahrestage beziehen oder speziellen Ereignissen und Themen gewidmet sein. Je nach den räumlichen und finanziellen Möglichkeiten handelt es sich um größere oder kleinere Ausstellungen. Die gegenwärtige Ausstellungsplanung reicht bis zum Jahre 2009.